je résume :
- la racine de ton site est à un endroit du disque dur.
- les scripts inclus sont ailleur sur le disque grace à un alias.
- les fichiers que tu cherches sont à un troisiéme endroit.
Si les fichiers que tu cherches à atteindre sont dans un sous dossier de celui des scripts, tu peux utiliser le même chemin que celui des "include" au chemin d'accés aux fichiers en questions.
S'ils sont en dehors, là, je vois pas comment tu peux faire a part en utilisant un script d'installation qui modifiera tes constante dans les fichiers afin de les faire correspondre au besoin.