le plus facile est destocker un attribut "parent" dans chaque message. Cet attribut "parent" contient l'id du message dont il est la réponse, 0 s'il n'y a pas de message parent.
Par la suite tu fais une fonction récurssive du type :
function getChild($id){
$query="SELECT id, message from Messages where parent='$id'";
$result= mysql_query($query,$connexion);
while ($row= mysql_fetch_object($result) ){
echo "$row->message";
getChild($row->id);
}
}
getchild(0);
si je ne me suis pas trompé ça doevrais fonctionner basiquement.