Clairement, le compte root est inadapté pour ce genre d'opération. La moindre faille de sécurité sera exploitée avec... le compte d'administration système !
Et puis, comme le nom "administration" l'indique, ce compte devrait être strictement réservé aux tâches administratives. Il vaut mieux devoir mettre les droits au compte-goutte que de tout ouvrir aux quatre vents.
Je pense qu'il y a de meilleurs moyens de résoudre ton problème. Quelle est la nature de ces fichiers ?