A partir du moment où tu as le programme java sur ton ordi, tu peux faire un fichier .bat avec le chemin absolut du JDK que tu veux utiliser pour ce programme là.
Pour le choix au niveau du navigateur, ca dépend des OS. Chez moi, sous windows, quand une applet est chargé, j'ai une icone qui se rajoute à gauche de l'heure et qui permet d'accéder à une console de réglage de java avec entre autre de choisir le JDK qui sera utiliser par les applets.
Quand à l'installation de deux JDK en paralléle, il suffit simplement de les installer dans deux répertoires différents. 
