Change le umask de l'utilisateur d'apache, mais fais attention pour maintenir un niveau de sécurité maximum ...
Aprés, tu peux créer un script bash, qui prend comme argument le chemin absolu de ton répertoire et qui modifie les droits à ta guise.
Ensuite, tu lances un Runtime.getRuntime().exec(...), etc ... je te laisse chercher la suite .. Tu peux même lancer un Thread pour attendre la fin
de ta commande externe => l'execution de ton script ...
Je vais en developper un pour un projet spécifique; si ça t'interesse, je te tiens au courant.
Cordialement.
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Mieux vaut tard que jamais!