Déjà, si tes feuilles de calcul sont générées en Java, alors tu peux générer aussi du PDF à partir des mêmes sources grâce, par exemple, à l'API iText qui permet de générer du PDF.
Si tu n'as pas la main sur la génération des fichiers Excel et que tu n'as accès qu'aux fichiers .xls, tu peux utiliser une API comme POI pour "lire" le fichier Excel puis iText pour générer le PDF correspondant.
Deux solutions bourrines et sûrement plus longues à mettre en place que celle proposée par cooltwan mais je dirais qu'elles ont l'avantage de rendre le résultat plus "malléable".
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Soyons ouverts d'esprit, mais pas au point de laisser notre cerveau s'enfuir.