IE et FF sont un peu comme deux frères. Il y a beaucoup de petites différences entre eux.
Etant donné que leurs codes sources font plusieurs milliers de lignes et que l'endroit où votre code pose problème peut surement se circonscrire à une dizaines de lignes, je vous suggèrerais de de prendre le problème par l'autre bout, et donc de nous montrer quelques lignes de votre code avec, si possible, des explications sur ce que vous entendez par "pas du tout" (y-a-t-il des messages d'erreurs, des affichages inattendus, etc.?)