Le remplacement prendra le même temps ou encore plus de temps en javascript qu'en d'autres langages.
Javascript ne marche pas sur un flux de données, mais sur l'intégralité du fichier. En l’occurrence, il y aura un scan de plusieurs Mo et cela prendra forcément du temps. Peut-être que le fichier est déjà chargé en mémoire, mais je ne sais pas si c'est le cas, ce n'est pas dit.
De toutes façons, Javascript n'est pas pratique pour parser du texte qui ne se trouve pas dans des éléments ayant des ID. En l'occurrence, je crois avoir compris que la chaîne à remplacer ne se trouve pas incluse dans des div ou des span particuliers, donc ce n'est pas facile pour javascript de la retrouver.
Désolé, mais il vaut mieux utiliser SED ou PERL ou AWK, ou PHP, ou d'autres outils faisant des IO sur les fichiers.