Même avec (l'excellent) Dev-C++, il faudra faire deux compilations différentes, une pour Unix et une pour Windows. Je propose d'utiliser une constante globale, par exemple
#define OS_cible Unix
#define OS_cible Windows |
pour déterminer s'il s'agit d'Unix ou de Windows. Cela dit, il existe déjà des constantes prédéfinies, par exemple WINVER et WIN32 dans windef.h, lequel est théoriquement inclus dans tous les projets Windows car il est inclus dans windows.h.