Salut,
Le C++ n'est pas une interface graphique. Pour faire ça il va te falloir une librairie graphique (Qt, wxWidget, MFC, API Win32 ou consort). Il faut savoir sur quelle OS tu es, si tu veux que ce soit multi plateforme,...
Si tu veux absolument dissocier ton prog C de ton interface, tu dois le lancer avec (par exmple) system() si tu es sur Unix/Linux, ou ShellExecute() si tu es sur Win. Sinon, tu peux intégrer le traitement que tu fais dans ton interface et te retrouver au final avec un seul exécutable.