en mysql, il est possible de tuer une conection à la base de donnée : "KILL n" en remplacant n par le numéro de conection.
A partir de mysql 5.0 il est possible de tuer la requette sans tuer la connection à l'aide de la requette "KILL QUERY n".
Mais le mieux, c'est déjà de mettre un index sur la colone ou l'ensemble de colone servant aux jointures pour la requette qu'est trop longue.