Je dirais que si elles vont se loger à l'entrée du waterblock quand la pompe démarre, il faut que tu débranches le tuyau à l'entrée du waterblock, tu mets le bout du tuyau au dessus d'un bocal, et tu démarres la pompe pendant un temps très court, juste histoire de virer les impuretés sans vider tout le circuit, puis tu reremplis ce qui manque avec du liquide propre.
Sinon, autre solution, tu vides complètement le circuit de son liquide, tu filtres le liquide (filtre à café par ex) et tu remets le liquide filtré, et tu répètes l'opération plusieurs fois si nécessaire.
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télécommande PC