Tout dépend des usages...
Je pense que sur le fond (idéologie: ouverture, gratuité, entraide...) comme sur la forme (performance, sécurité, flexibilité...), Linux l'emporte haut la main sur Windows, payant et passoire à virus.
La réalité montre cependant que Windows reste inévitable pour certaines tâches spécifiques, celles requérant des programmes non développés pour Linux, comme la suite Adobe CS ou beaucoup de jeux vidéo (ou alors, il faut aimer mettre les mains dans le cambouis et faire des compropis).
Conclusion: pour ce qui a été cité au-dessus, mieux vaut conserver Windows.
Pour tout le reste, utiliser Linux. A noter que pour quasiment chaque logiciel, gratuit ou payant, sous Windows, il existe une alternative, le plus souvent libre et gratuite, sous linux (y compris pour les jeux vidéo !).
Rien n'empêche d'installer les deux à la fois sur un même ordinateur, google en sait plus que moi sur le sujet