Installer Lilo sur le MBR d'un système NT posait problème (et encore, pas vraiment puisque tu peux configurer la partoche de boot sous NT), par contre, sous 2000, c'est passé comme une lettre à la poste, avec Lilo sur le MBR, et toutes mes partitions 2000 en NTFS....
Le seul problème, c'est l'install RedHat et Mandrake qui refuse d'ajouter les partitions NTFS au menu de Lilo....donc, la solution, c'est de ne mettre dans un premier temps que Linux, de rebooter, puis d'ajouter à la main l'entrée dans /etc/lilo.conf pour démarrer 2000, et de relancer Lilo...ca marche nickel, et les lignes à ajouter sont vraiment pas complexes (mais je les ai pas sous la main, je suis sous Windows, là)
Sinon, c'est pas vraiment Lilo qui boote les systèmes non Linux :il ne fait que pointer vers une partition, qui elle contient le boot loader de ton système, donc, pas de souçi, à part avec Win9x qui avait la facheuse habitude de flinguer le MBR à l'instal..pour ne rien y mettre!!