À mon avis, quand on te dit "run 'patch ..'", ça veut dire qu'il faut que tu lances la commande "patch"
~/john-the-ripper# patch < john-ntlm.diff
pour patcher les sources.
Ensuite, tu dois recompiler le truc en étant bien évidemment toujours dans le répertoire où sont les sources avec la commande make.
Pour make, il te dit quoi?
Ça -> bash: make: command not found ?
Ou ça -> make: *** Pas de règle pour fabriquer la cible `system'. Arrêt. ?
Dans le 1er cas, c'est que tu n'as pas installé les outils de développement, dans le 2ème, c'est que tu n'es pas dans le bon répertoire pour lancer la compilation, ou alors que tu t'es trompé en tapant "system" (dans le 2ème cas, le message est peut-etre en anglais).