tu as beau avoir USE="-mp3" si tu installe un programme qui lit le mp3 il le lira... c'est pas la probleme, mais par contre, si tu as un programme qui peut avoir un support pour le mp3, il ne sera pas inclu.
par exemple media-sound/amarok, il a un flag "postgres" pour stocker la base de donnée de la musique dans une db postgres... si tu n'en a pas besoin, tu ne met pas le flag, et c'est tout, ca evitera des dependances qui ne te servent a rien