Le partitionnement primaire/logique n'a pas beaucoup d'importance sous linux. En gros, il y a une partition primaire et une etendue (qui prend le reste de la place laissée par la primaire). A l'interieure de l'etendue, tu as les partitions logiques. Donc si tu veux n'installer que Ubuntu sur ce disque, formatte la primaire en ext3, monte la sur / et ensuite tu fais ce que tu veux avec les partitions logiques (/home /usr etc...). Verifie aussi que ta partition primaire (ou, d'une maniere generale, la partition qui est montée sur /) soit bien bootable. Enfin regarde si ton disque dur est en primary master (c'est pas obligatoire si tu n'as qu'un seul DD).
Si ca ne marche toujours pas, assure toi que ce n'est pas le cd qui est foireux. S'il ne l'est pas, boot sur le live-cd de la Ubuntu et execute un badblocks -s -v -o fic1 /dev/hda1 où hda1 est le nom de ta partition monté sur / .