Webmin et Samba existe bien sous Freebsd.
La majorité des soft sous linux ont un port sous freebsd et de plus tu peux lancer un soft compilé pour linux sous free via l'émulateur.
Sinon question passage MDK 8.1 => Freebsd, ca risque d'être un peu douloureux au début, surtout pour l'install et la conf, sinon je ne sais pas comment tu utilises ta mdk, ceux qui l'utilise, l'utilise entre autre parcequ'un paquet de truc se configure avec une interface graphique et ca tu peux l'oublier sous freebsd, c'est pour ca que qu'un passage d'une slack ou d'une debian vers freebsd aurait été moin déconcertante ...