Essaie de te logger en root à partir d'une console (CTRL+ALT+F1 -> CTRL+ALT+F6)...Si ça marche, c'est le desktop manager qui emêche les logins du root...(desktop manager : le démon qui gère la mire de login, redémarre X, etc..)
Pour GDM (gnome) il y a un utilitaire de configuration de GDM (gdmconfig), qui permet d'autoriser ou non le login de root à partir de GDM...Pour KDM (l'équivalent pour KDE), je sais pas, mais je pense que qqchose de similaire doit exister.
Sinon, les fichiers de conf de ces machins là sont dans /etc/X11/gdm, /etc/X11/kdm...