Euh veut tu bien expliquer ce que tu veut changer ?
.Xdefaults -> change les resources des applications X
chargement via 'xrdb -merge .Xdefaults' ou 'xrdb -load .Xdefaults', il arrive que suivant la methode utilise pour charge Xfree (startx/gdm/..) les commandes precedentes ne soient pas charge auquel cas il te faudra chercher les bon fichiers (.xsession, .xinitrc, ..) et la rajouter.
.emacs -> configuration d'emacs
pris en compte au demarrage d'emacs ou via les fonction de chargement de code lisp d'emacs.