Ce que tu veux faire ne semble pas prévu en standard
tu peux éventuellement rajouter un liens vers ton prog dans ~/.gnome-desktop
après quand tu double-clic dessus une fenêtre s'ouvre qui demande si tu veux lancer le prog ou l'afficher, tu fais run et c'est parti
c'est pas ce qu'on fait de mieux mais ça marche
c'est valable au moins pour gnome 1.4 et 1.4.1 pour ce qui est du 2 je ne sais pas
sinon perso je préfère les lanceurs dans le panel