en gros t as 2 disque, sur le premier tu as windows et tu veut mettre linux et sur le deuxieme t as linux et tu veut mettre windows?
Quoiqu il en soit tu formates les 2 et lors de la reinstall chaque systeme choisira son file system (ntfs pour windows et ext3 ou reiseirfs pour linux).
T as pas a te prendre le choux a choisir le futur filesystem si tu doit reinstaller par dessus.
sinon t inverses tes deux disques ,
autre possibilité, j ai rien compris, mais faut dire que ton message n est pas tres clair...