Apparement, les résolutions de noms de domaines sont effectuées sur des serveurs différents, sur ta configuration Linux et ta configuration Windows... Vérifies ta configuration Linux. Tu tapes sûrement sur un serveur DNS qui cache les données. Peux-être même celui-çi tourne sur ta machine sans que tu ne le saches.
De toute façon, le truc de l'ip dynamique, c'est vraiment du pipo, et ne peut mener qu'à ce genre de désagréments.
En effet, quelque soit le TTL de ton NS record chez dyndns (ou autre), il faut savoir que pas mal de serveurs DNS sur le web refusent de tels TTL, sous pretexte qu'ils mobilisent trop de ressources (le serveur de nom devant sans cesse updater les données pour la machine en question). Sur ce genre de serveurs, le TTL est automatiquement augmenté jusqu'à une valeur par défaut. Parfois, c'est jusqu'à 3h. Génial pour le mec qui était sur ton site, et qui doit attendre jusqu'à plusieurs heures pour pouvoir y aller de nouveau...