Perso :
ServerRoot -> /usr/....
DocumentRoot -> /home/....
Partant de là...
Et pourquoi DocumentRoot pas dans /usr ? Parce qu'il a normalement sa place dans /var je pense selon la hierarchie normale et pas du tout dans /usr qui ne contient pas de données mais uniquement des programmes, mais étant donné la taille bien plus conséquente en ce qui me concerne du /home, sa place est plutôt là, d'autant que les différents sites sont setuid comme Apache sur des users, entrainant des comptes users cohérants dans /home avec le contenu web à l'intérieur ( on suit également la logique du http://www.siteweb.com/~user/ dans le compte d'un user shell ).
Enfin c'est surtout que généralement on a pas qu'un site mais on utilise VirtualHost beaucoup. En plus si on met en place des quotas par exemple, je trouve bien plus logique de faire les espaces sur /home.
M'enfin je trouve pas la question vitale