Pour le MBR je sais pas... j'avais l'habitude de formater et réinstaller mon windows au moins une fois par an jusqu'à ce que j'installe mon premier linux, et depuis je l'ai plus jamais fait. Et ça doit bien faire trois ans.
Pour le reste, non c'est pas idéal, mais c'est pas très grave. Vu comment tu pars, d'ici deux mois tu vireras ton linux pour en essayer un autre. Puis un troisième. Puis une gentoo ou une LFS. Et avec un peu de chance d'ici un an ou deux, tu auras trouvé la distro qui te va bien (message subliminal : Arch c'est bon, mangez-en), et d'ici-là t'en sauras assez pour décider de ton partitionnement en fonction de tes besoins.
Mais bon, si je devais te donner un seul conseil, ça serait de prévoir une partition à part pour ton /home. Ca évite bien des emmerdes quand on saute fébrilement d'une distro à une autre. Ou quand on en teste plusieurs simultanément.