Pour dpkg-buildpackage, il me semble qu'il faut que le paquet source contienne un répertoire debian avec les rules qui vont bien... C'est le cas de tous les paquets sources debian et quelquefois de certaines sources, comme mplayer, xvid 1.0,...
Checkinstall n'a pas besoin de ça. Il remplace le "make install" en fabriquant un "faux" paquet debian (pas de gestions des dépendances, etc...).
Donc, quand tu as un répertoire débian dans ton archive : dpkg-buildpackage, quand pas de répertoire debian : checkinstall qui permet une désinstallation propre du paquet créé.