Il suffit de mettre le nom du programme avec un & à la fin.
Pour démarrer gkrellm et xmms par exemple, tu mets dans ~/GNUstep/Library/WindowMaker/autostart :
gkrellm &
xmms &
tu sauvegardes le fichier, et tu le rends exécutable :
chmod +x ~/GNUstep/Library/WindowMaker/autostart
Et hop c'est bon.