Oui, sans pb : tu fais une disquette de boot (si ça a pas déjà été fait à l'install), et tu note quelle partition correspond à ta racine (le /) sous linux (dans /etc/fstab c'est /dev/hdxx=). Tu commente la ligne correspondant à windows dans ta fstab. C'est bon, tu peux réinstaller ton windows après formatage en fat32
Ensuite, tu bootes sur la disquette (tiens, je me demande même si c'est pas possible juste avec le CD mdk ?) mais en lui passant les arguments suivant à l'invite : rescue root=/dev/hdxx
Là paf ça boote sous Linux et en root tu restaure ton mbr tout pollué par windows en faisant un /sbin/lilo
Puis, pour finir, tu vire le # devant la ligne windows de ta fstab, tu remplaces ntfs par fat32 et c'est bon, tu peux la remonter (mount /mnt/win_c ou dans le genre).
Amuse toi bien !!