Sous tous les Red Hat-like, run-parts va regarder dans les répertoires etc/cron.{monthly,daily, weekly, monthly} dans lesquels il trouve des fichiers avec dedans à chaque fois juste une ligne qui irait normalement dans une crontab.
Ca permet de simplifier pas mal l'administration, notamment pour l'installation par paquet. Chaque paquet va juste ajouter un fichier avec les lignes dont il a besoin dans les répertoire /etc/cron.* qui va bien sans risquer de foutre le bordel dans la crontab.
Tu peux utiliser la même méthode ou éditer directement la crontab, indifféremment. Par contre tout supprimer c'était pas une très bonne idée.
Ah oui les nices c'est pour que ça s'exécute avec une priorité très faible pour pas surcharger la machine si tous les scripts se mettent à tourner en même temps.