J'ai EXACTEMENT le même problème.
Mon matos : Leadtek GeForce6800GT, écran Hercules ProphetViewII 19''. A noter que j'avais aussi le problème avec ma Leadtek GeForce4Ti 4800SE.
J'ignore la raison, mais je sais contourner le problème :
1) lance tes vidéos dans une résolution inférieure à la résolution native de 1280x1024. Si tu utilises par exemple PowerDVD, tu peux lui demander de faire la bascule automatiquement lors du passage en plein écran et le problème est donc contourné sans que tu bidouilles à chaque fois.
2) En changeant de drivers sur la GF4, le problème avait disparu (pour infos, ces drivers qui résolvaient le problème étaient les 60.85), puis en passant au GF6, le problème est revenu. Donc, mettre à jour les drivers peut aider.
Sur la GF4, le problème était permanent sur toute vidéo plein écran (sauf jeux, ouf!) : essaye d'agrandir/étirer une fenêtre : dès que tu touches au 1280, les lignes se décalent.
Sur la GF6, le problème est aléatoire d'un reboot à l'autre. Parfois, le problème n'existe pas, parfois il existe.
Quand tu prends le réflexe de baisser la résolution (1100 suffit) à chaque fois, c'est assez lourd, mais c'est pas non plus une torture.
Quant au "pourquoi", j'aimerais bien savoir aussi !!