J'ai du mal à comprendre d'ou pourrait venir votre problème. Setpoint enregistre ces paramètres dans un fichier xml qu'il va recharger à chaque démarrage. Si vous arrivez à sauvegarder le profil en cours, ça veut dire qu'il arrive effectivement bien à enregistrer le profil.
Pour info, le fichier se trouve à cet emplacement :
C:\Documents and Settings\[nom d'utilisateur]\Application Data\Logitech\SetPoint\user.xml
Peut-être avez vous installé SetPoint à partir d'un autre compte utilisateur, et que la fonction de récupération de windows restaure l'ancien fichier par mesure de sécurité.
Vous pouvez toujours essayez la méthode à l'ancienne. Vous redémarrez en mode sans échec (F8 au démarrage de windows), et vous écrasez le fichier xml de la configuration par défaut par le votre). Vous serez fixés, si ça vient d'un logiciel quelconque de sécu, ou de la fonction de récupération de windows, ça devrait normalement passer.