Bin, il peut y avoir des conflits de ressources, et certains partages d'IRQ ne se passent pas bien... il aurait fallut avoir ta config IRQ avant le changement, et encore, rien ne prouve que ça aurait permis de diagnostiquer le problème.
En fait, si une carte ne fonctionne pas, il est souvent conseillé de la changer de PCI... car c'est assez souvent à cause d'un conflit hardware.