Il y a dans l'archive du programme, 2 executables à lancer selon l'OS qu'on utilise. Mais dans le cas d'un multiboot faut il lancer les deux exe pour que la reprogrammation fonctionne sous chacun des systèmes?

je me suis peut etre mal exprimé:
Actuellement je suis sous 2000, si je lance le prog de mise à niveau, serai-je obligé de refaire la manip' sous windows 98? Ou bien, est ce qu'une fois reprogrammé je pourrai booter sous 98 avec les améliorations.