Faut avoir une disquette de boot "minimum", avec rien de lancé (en particulier pas d'EMM386).
Normalement, suffit de 3 choses sur ta disquette :
IO.SYS
MSDOS.SYS
COMMAND.COM
(+ fichiers pour le flashage)
Pour le DOS, t'as besoin de rien de plus. Au moins, t'auras pas de programme résident susceptible de poser problème.