En effet, il a de moins en moins d'intérêt à avoir un gros CPU quand on peut utiliser sa carte graphique pour des calculs lourds.
Une CG serait un bien meilleur investissement si tu peux t'en servir.
En revanche, si tu souhaites seulement utiliser le CPU, le X6 d'AMD est en effet très bon. Même le 1055 est un excellent choix, car niveau prix/perf, c'est un des meilleurs, et il s'OC très bien.
En revanche, niveau compilation, comme l'a dit Tous, bien souvent les intel peuvent avoir l'avantage.
Pour la distribution, Ubuntu est simple à prendre en main (Mais Debian peut s'avérer également très utile). Si ton choix est orienté vers Ubuntu, je te recommande fortement de l'installer en version serveur si tu ne veux pas d'interface graphique, ou en version alternate pour une version plus légère avec interface graphique.
Dans mon cas, utilisant mes PC pour de la recherche scientifique (Via CPU et GPU), quand les calculs sont uniquement sur CPU, et donc ne nécessite pas d'interface graphique, le fait que je ferme l'interface graphique afin de tomber en commande, apporte un gain important en performance !
Si tu peux coder ou te faire aider, tu peux également te monter simplement un serveur WEB et rejoindre en tant que projet scientifique (Si c'est bien le cas), la plateforme de calcul distribué BOINC. (Regroupant des millions d'ordinateurs de particuliers, universités, entreprises, mettant à disposition bénévolement pour la science, leur puissance non utilisé)
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