Parfois certaines CM supportent pas des boitiers à cause de la fixation trop proche de la plaque du dos (court-circuit) ou avec une base vis trop large (court circuit au delà de la partie métal allouée). Ca m'est arrivé avec un Asrock. Pour éviter ce problème placer des rondelles isolante derrière les vis de la carte mère.
Par ailleurs vérifier que le CPU est bien mis, sans patte pliée ou cassée.
Autre possibilité mais ça m'étonnerait, le CPU pas prévu, a un voltage trop faible (série Eco notamment).
Autre possibilité : l'alim a un problème et ne dispense plus le bon voltage à un certain niveau, mais la première carte mère s'en accommode, la seconde non.
Sinon, la carte est défectueuse.