ça dépend.
si tu comptes désactiver la cg ati ça ne pose aucun problème (de toute façon, en général, il est impossible d'utiliser la cg onboard et une cg tiers sur le bus graphique principal (agp-pcie16x)).
si tu comptes utiliser les deux en même temps (pex geforce sur pci ou pcie non principal), ça risque d'être plus chaud. Personnellement, mes dernières expériences avec deux cartes tiers (ati+nvidia ou ati+matrox) n'ont pas marché, le driver ati était trop peu partageur, impossible sous windows de charger le pilote geforce ou matrox (même en inversant l'ordre prioritaire des slots dans le bios).