Pas forcément grave tant que l'alimentation marche bien ... Moi sur ma carte mère ma sonde de température du processeur ne fonctionne pas par exemple mais ça ne gène en rien. Donc je dirais que pour toi ça doit être pareil même si c'est un peu perturbant.
Vu que tu as testé avec 2 alims différentes (et pas des pourries!), il semble clair que c'est la carte mère.
Il faut juste espérer que la carte mère ne soit pas défectueuse en elle même, mais juste les indicateurs de tension. Difficile de te conseiller un autre test, mais si la machine est stable, j'aurais tendance à dire que ça devrait aller.