Le boot manager c'est un petit logiciel, qui peut être en partie dans le MBR, et en partie sur une partition, qui permet de lancer ton OS.
Dans ton cas, ton boot manager sera celui de Linux (grub ou grub2) qui t'affichera un menu te permettant de booter sur tes différents Windows + Linux.
Le jour où tu réinstalleras un de tes Windows, il écrasera la partie de grub situé en MBR, pour le remplacer par son propre bootloader, et tu perdras ton menu de boot. Il te faudra le réinstaller.
Sur un disque récent, sans AHCI, tu n'as pas le support du NCQ qui permet d'optimiser les accès aléatoires sur le disque. sur les SSD, tu perds aussi le TRIM au passage. C'est pas "indispensable", mais bon, acheter une machine récente et perdre un peu de perfs par flemme de faire une disquette de boot, c'est dommage.