Bien sur mais tu n'as pas a te poser la question, ca se passe entierement au niveau du controlleur qui "trompe" l'OS en lui faisant croire qu'il n'y a qu'un disque... Ca ne change rien pour toi, tu peux créer autant de partitions que tu souhaites...
Par contre, l'ideal serait pour toi d'isoler tes données privées sur un 3ème disque non Raid dont tu es sur, car si un des disques raid tombe en panne, tu perd tout...