J'ai pas tout compris. Tu as un seul HD et tu l'as partitionné en une grosse partition primaire NTFS pour Windows et une autre partition primaire de 10 Go pour Linux ? Et peut-être même une 3e de 1 Go pour le swap de Linux ?
Pour le problème avec lilo, qui s'installe effectivement dans le MBR, la solution est simple. Tu redémarres avec une disquette de démarrage de Win98 puis tu tapes : FDISK /MBR
Ça "formatera" le Master Boot Record et du coup tu démarreras automatiquement sur la partition primaire activée du premier disque dur.