Déjà pour éclaircir les choses, tous les disques dur sont ATA.
Après on les distingue : soit ils sont PATA (Parallel ATA) soit ils sont SATA (Serial ATA).
Si on lit bien la description technique de la carte mère ici :
http://www.ldlc.com/fiche/PB00023499.html
Je réponds IDE+IDE=oui et IDE+SATA=oui
Cependant, j'ai entendu parler qu'il était préférable de faire du RAID avec uniquement des disques SATA.
(des problèmes en RAID IDE+IDE)
Pour l'autre question, moi je pencherais plutot sur 2 Hitachi 40Go SATA. (temps de latence plus grand mais débit plus élevé )