Le .fla, c'est le fichier source. Le .swf, c'est le fichier final à mettre sur le site.
Le mieux à l'heure actuelle pour insérer un flash, c'est soit en HTML normal et valide, genre via un flash satay. Ou encore mieux avec SWFObject qui propose une solution en JavaScript, permettant de détecter le player Flash et de proposer une mise à jour s'il le faut. Tout en permettant de mettre un contenu alternatif pour des raisons évidentes d'accessibilité