Hello !
En fait il faut choisir ses couleurs, valider puis passer en mode "multicouche" (menu image/mode) il ne reste plus qu'à travailler sur les couches (une par pantone) en isolant sur chacune la partie (effacer l'autre) à imprimer dans chaque couleur : pour reprendre ton exemple, sur la couche du 1er pantone j'efface le rond, sur celle du 2è j'efface le carré...
Mais c'est très bien expliqué dans la doc
have fun !