Oui alors bon c'est rien du tout !!!
C'est juste un problème de visualisation !.. En mode édit uniquement, quand tu sélectionnes ton vertice, et que tu le déplaces, il se peut que ça retourne ta face si tu le déplace trop (ce qui est justement ton cas !). Comme le mode d'affichage avec lequel tu évolues est un mode ou les faces sont translucides, et bien en fait tu vois à la fois à travers le bout de la face que tu as retourné (comme un pétale), et le reste de la face qui se situe derrière. Du coup, cette surface que tu vois est plus sombre (surpeposition de 2 surfaces translucides). Voila j'espère que tu as compris, mais en gros, c'est très normal.
Si tu veux changer de mode d'affichage (translucide ou pas en mode édit, et shader activé ou pas en mode object), mets le curseur sur la vue en question, et tapes "Z" pour commuter entre les 2 modes !
Voilouu..