Je ne connais pas la "demande" en botanique, mais faire une thèse ne signifie pas forcement faire Mdc, et tu pourras sans problème aller dans un bureau d'étude (avec un salaire peut être plus intéressant).
Dans mon domaine (Le high performance computing), tu peux gagner jusqu'à 3-4 fois le salaire d'un Mdc ,à l'étranger bien sûr. (Je sais, même un Licence pro peu gagner plus qu'un Mdc qui débute ).
Je ne pense pas qu'une thèse te fermera des portes, bien au contraire. Le seul problème est que si tu as une thèse, il ne faudra pas avoir peur de bouger ailleur pour trouver du taff (Angleterre, Ireland, Pays Bas, USA).
Il embauche à Monsanto?
Sinon, faire une thèse avec un CDI... Il faut voir avec l'école doctorale de la Fac en suisse...